Juan Jesús se ordenó sacerdote en la Catedral de Las Palmas en 1999. Sus encargos pastorales en la Diócesis de Canarias han sido muy variados: fue formador del Seminario Diocesano y párroco en diversas parroquias de las Islas: en La Atalaya de Guía y en La Oliva, en Fuerteventura.
En la actualidad está terminando su doctorado en la Universidad Gregoriana de Roma, con una tesis sobre la inspiración bíblica.